En el año 1888 la M. Concepción Dolcet, sucesora de la M. Mª Ana Mogas compró la casa donde se impartieron las primeras clases (actualmente Santa Engracia 140, Sede de la Casa Madre de la Congregación de Franciscanas Misioneras de la Madre del Divino Pastor). Obtuvo la aprobación definitiva como centro educativo el día 11 de junio de 1904 , enseñando y educando a las niñas de todas las clases sociales, en número superior a 500 alumnas.
Pocos años más tarde el Instituto compra el terreno donde está situado el edificio principal del Colegio (actual Santa Engracia 142) y el día 15 de junio de 1917, fiesta del Sagrado Corazón de Jesús, es colocada la primera piedra del edificio actual bajo la advocación de la Divina Pastora. Presidía la Iglesia el Papa Benedicto XV; gobernaba la Nación el rey Alfonso XIII; era M. General de la Congregación la M. María Serra.
En 1925 se amplía el edificio y se eleva la segunda planta.
En 1936, el Colegio fue señalado para hacerlo desaparecer. Providencialmente se salvó aunque no para fines educativos. En 1939 se reinician las clases de nuevo en la actual Casa Madre y en 1940, después de reconstruirlo por quedar muy afectado por el saqueo sufrido y su dedicación a prisión, se vuelve a abrir el Colegio .
En 1951 se adquiere un nuevo terreno donde se construye el actual Pabellón y el campo de deportes. En 1965 se levanta la planta 3ª dedicada a aulas y en 1988 se hizo la última reforma y adaptación general de todo el Colegio.
El día 20 de mayo de 2001 se inaugura nuevos espacios e instalaciones siempre con el deseo de seguir prestando el mejor servicio posible en la Misión Educativa de la Congregación a los niños y jóvenes de este siglo XXI.